A Universidade foi de facto fundada em Lisboa. Durante muito tempo, oscilou entre Lisboa e Coimbra, e só se estabeleceu definitivamente junto ao Mondego em 1537, mais de duzentos anos depois da morte de D. Dinis.
A bula De Statu Regni Portugaliae confirmava o ensino de Cânones, Leis, Medicina e Artes e autorizava a concessão de grau de licenciado pelo bispo ou vigário da Sé lisbonense. Dez anos depois, contudo, surgiram problemas. Não se sabendo exactamente qual a sua origem, é conhecido que, ainda antes da autorização papal, as aulas já decorriam num edifício situado no Campo da Pedreira à Lapa. Este edifício teria a ver com a Casa da Moeda, pois, a 4 de Setembro de 1300, D. Dinis tentou disponibilizar outro terreno para a construção de um edifício para o Estudo Geral, por ter problemas com essa instituição.
Em Janeiro de 1307, foi feito o pedido de transferência para Coimbra. E, a 15 de Fevereiro de 1309, pela Charta magna privilegiorum, D. Dinis estipulou os estatutos do Estudo Geral de Coimbra, embora a autorização para a transferência só tenha sido dada a 26 de Fevereiro de 1308, por Clemente V.
